Der Kernmattbach ist in den vergangenen Jahren verschiedentlich über die Ufer getreten und hat im Industrie- und Gewerbegebiet Kernmatt massive Schäden verursacht. Nach dem Hochwasser 2005 wurden am Kernmattbach Sofortmassnahmen ausgeführt. Das Gebiet ist dadurch heute auf ein 30-jährliches Ereignis (HQ30) geschützt. Das Schutzziel für Industriegebiete ist ein HQ100. Das bedeutet, dass der Kernmattbach aktuell statt der notwendigen ca. 22 m3/s Wasser nur ca. 5 m3/s schadlos abführen kann. Das Gebiet wurde denn auch seit dem Hochwasser 2005 bereits einige Male wieder überschwemmt.
Mit der Ausführung des Projekts Sarneraa mit Hochwasserentlastungsstollen Ost können die Schutzdefizite am Kernmattbach kostengünstig behoben werden. Mit einem vertikalen Schacht im Gebiet der „alten Teigi“ kann das überschüssige Wasser vom Kernmattbach in den Hochwasserentlastungsstollen Ost geleitet werden. Mit gezielten Massnahmen am Gerinne wird sichergestellt, dass der Kernmattbach die neuen Fassungsbauwerke nicht rechtsseitig umfliessen kann. Mit Hilfe eines vorgeschalteten Geschiebesammlers soll verhindert werden, dass grössere Geschiebemengen in den Hochwasserentlastungsstollen Ost gelangen können. Zudem wird mit Hilfe eines Holzrückhalterechens sichergestellt, dass die Fassungsbauwerke nicht mit Holz oder Geschiebe verklaust werden.
Zudem werden im Rahmen des Projekts ökologische Aufwertungsmassnahmen umgesetzt. Diese werden in erster Linie im Unterlauf, das heisst auf Gemeindegebiet Sarnen erfolgen. Die Kosten werden auf insgesamt rund 6.5 Mio. Franken veranschlagt.
Das Projekt Hochwasserschutz Kernmattbach ist Bestandteil des Gesamtprojekts Hochwassersicherheit Sarneraatal, welches auch die Projekte „Sarneraa mit Hochwasserentlastungsstollen Ost“ und „Regulierung Sarnersee“ umfasst. Während für die beiden letzteren Projekte der Kanton Obwalden Bauherr ist, liegt die Bauherrschaft für das Projekt Hochwasserschutz Kernmattbach bei der Gemeinde Sarnen. Der Zeitpunkt der Umsetzung steht in starker Abhängigkeit des Baus des Hochwasserentlastungsstollens.